Thuế GTGT là một sắc thuế đánh trên phần giá trị tăng thêm của hàng hoá dịch vụ. Theo phương pháp khấu trừ, thuế GTGT phải nộp của khâu sau được khấu trừ phần thuế đã nộp ở khâu trước. Do vậy, khấu trừ là một đặc trưng cơ bản của thuế GTGT. Nói một cách khác, bỏ khấu trừ thì thuế GTGT mất đi thuộc tính vốn có của nó, lúc bấy giờ thuế GTGT không còn có ý nghĩa tồn tại.

Theo Luật thuế GTGT, đối với hàng hoá xuất khẩu chịu thuế suất là 0% và được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Đây là một chủ trương nhằm khuyến khích xuất khẩu, bảo hộ sản xuất trong nước. Để được hoàn thuế, doanh nghiệp phải có đầy đủ các hoá đơn hợp pháp. Tuy nhiên, do điều kiện đặc thù của nền kinh tế nước ta, những trường hợp mua hàng là nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến của người sản xuất không có hoá đơn được khấu trừ theo tỷ lệ tính trên giá trị theo bảng kê. Ngoài ra, ta cũng ban hành cơ chế hoàn trước - kiểm sau, nhằm tạo điều kiện thông thoáng cho các doanh nghiệp.

Sau hơn ba năm thực hiện, đã có hơn 16.000 đơn vị đề nghị hoàn thuế so với hơn 1 triệu đối tượng nộp thuế. Tính đến tháng 6/2002, số thuế thực hoàn hơn 13.000 tỷ đồng. Bên cạnh đó, một số đối tượng đã lợi dụng cơ chế hoàn trước - kiểm sau và việc khấu trừ theo tỷ lệ % nhất định đối với hàng nông sản để chiếm đoạt tiền thuế. Theo thống kê, tiến hành kiểm tra sau khi hoàn thuế với 3.311 đơn vị đã có 1.215 trường hợp vi phạm với số tiền 140 tỷ đồng, và 325 đơn vị vi phạm nghiêm trọng. Thực tế cho thấy, việc chiếm đoạt tiền thuế thông qua việc hoàn thuế và khấu trừ theo tỷ lệ % đã và đang diễn ra ngày một cách tinh vi.

Căn cứ chủ yếu để được hoàn thế là hoá đơn hợp pháp. Thông qua hoá đơn hợp pháp, doanh nghiệp không chỉ khai man trốn thuế, mà còn lợi dụng chủ trương hoàn thuế để chiếm đoạt tiền thuế, gây thiệt hại cho những doanh nghiệp chân chính. Thống kê qua các lần thanh tra, kiểm tra và quyết toán thuế, hoàn thuế cho thấy có rất nhiều hình thức gian lận thuế, chiếm đoạt tiền thuế thông  qua hoá đơn, như:

-         Sử dụng hoá đơn không do Bộ tài chính phát hành, thực chất là hoá đơn giả.

-         Hoá đơn do Bộ tài chính phát hành nhưng nội dung ghi không đúng qui định.

-         Các doanh nghiệp liên kết nhau hình thành đường dây “kinh doanh hoá đơn khống” như: làm hồ sơ xuất khẩu khống...

-         Một doanh nghiệp cho ra đời nhiều công ty có đăng ký kinh doanh, có mã số thuế, nhưng không có địa chỉ, nhiều tháng không khai báo thuế, để đi mua hoá đơn.

-         V.v...

Trước mắt Bộ tài chính đã trình Chính phủ cho sửa đổi Nghị định 79/CP, trong đó chủ yếu là giảm mức khấu trừ khống đối với hàng mua vào không có hoá đơn, chứng từ. Tuy nhiên, theo chúng tôi, đây cũng chỉ là giải pháp tình thế trước mắt.

Để giảm dần và khắc phục việc gian lận trong hoàn thuế và khấu trừ khống, cần thực hiện các biện pháp:

1. Cơ chế khấu trừ khống cần nên bỏ, bởi lẽ trong lịch sử áp dụng thuế GTGT ở các nước không có nước nào quy định cho khấu trừ khống. Cần khẳng định rằng khấu trừ là đặc trưng vốn có của thuế GTGT, nhưng không phải là khấu trừ khống. Khấu trừ phải đảm bảo nguyên tắc có thu thuế ở khâu trước mới hoàn thuế ở khâu sau và ngược lại. Đối với các ngành sử dụng nguyên liệu đầu vào là nông lâm thuỷ sản chưa qua chế biến, biện pháp khả thi nhất là áp dụng thuế suất thấp 5% hoặc thuế suất ưu đãi.

2. Cần ban hành cơ chế hoàn thuế mới, trong đó áp dụng đồng thời cả hai cơ chế: “hoàn trước, kiểm sau” và “kiểm trước, hoàn sau”. Như vậy, cần tiến hành phân loại các doanh nghiệp. Doanh nghiệp nào nghiêm chỉnh chấp hành chính sách thuế, chưa có hành vi vi phạm thì áp dụng cơ chế: “hoàn trước, kiểm sau”. Các doanh nghiệp không chấp hành tốt Luật thuế, không thực hiện thanh toán qua ngân hàng thì áp dụng cơ chế: “kiểm trước, hoàn sau”.

3. Tăng cường công tác quản lý hoá đơn hợp pháp bằng nhiều biện pháp đồng bộ:

-         Khuyến khích các doanh nghiệp sử dụng hoá đơn tự in. Biện pháp này tăng cường trách nhiệm của doanh nghiệp đối với thực hiện nghĩa vụ nộp thuế và quản lý hoá đơn chứng từ.

-         Tăng cường quản lý hoá đơn từ khâu đầu nhằm đảm bảo bán hoá đơn đúng đối tượng, đúng địa chỉ bằng các nghiệp vụ cụ thể của ngành thuế.

-         Sử dụng các biện pháp kỹ thuật tiên tiến trong việc in ấn hoá đơn.

-         Tăng các mức phạt đối với các vi phạm về hoá đơn.

Tóm lại hoàn thuế và khấu trừ thuế là một vấn đề lớn trong việc thực hiện Luật thuế GTGT. Cơ chế hoàn thuế GTGT thời gian qua đã có những tác động tích cực, góp phần làm cho sản xuất kinh doanh ổn định và phát triển. Tuy nhiên, nó chỉ tiếp tục phát huy tác dụng khi Luật thuế GTGT được sửa đổi một cách căn bản. Trước mắt, cần thiết phải áp dụng các giải pháp có hiệu quả nhằm ngăn chặn các hành vi chiếm đoạt tiền thuế ngày càng tinh vi.

Nguồn: Kỷ yếu hội thảo khoa học “Gian lận trong khấu trừ thuế, hoàn thuế và hướng hoàn thiện thuế GTGT trong tiến trình hội nhập AFTA (CEPT)” – Tháng 1/2003